パンコムギを材料にして、発現遺伝子を体系的・網羅的に解析しています（トランスクリプトーム解析といいます）。パンコムギは異なる３種類のゲノム（A, B, Dゲノムと名付けられています）が核内に存在する異質６倍体です。これらの３セットある遺伝子のどのゲノムからのものが選択的に、または、任意に発現しているのでしょうか？

　　この疑問に答えるために、まず大量にESTを解析しました。コムギの生活環の代表的な１０組織からRNAを抽出し、部分配列（ESTといいます）を大量に決定しました。これらの塩基配列をバイオインフォマティクス的に整列化して、それぞれの同祖遺伝子にグルーピングする方法を確立しました。これらの同祖遺伝子同士をさらに同じ遺伝子グループにグルーピングしてみると、予想遺伝子の約半分が含まれていました。
　
　　これらのどの遺伝子がどの組織で、どれくらい発現しているかをコンピューター上でトレースできるように可視化しました（Virtual Displayと呼んでいます）。これらの遺伝子のうち、比較的発現量の多いものを選んでA, B, Dのどの染色体領域から転写されたかを解析してみました。すると、約46%の遺伝子が、３種ゲノムのうち、１種類からのみ転写されていることが明らかになりました（６倍体の遺伝子すべてが使われているわけではない！）。３種ゲノムのうち、２種類から転写されている（１種類のゲノムの遺伝子は常にサイレント）ものは約25%、３種類とも発現されているものは約20%でした。また、これらの遺伝子は染色体上の様々な領域に分散していました。これらの遺伝子発現制御の分子機構の研究を、現在進めています。